锰砂过滤器的主要作用是去除水中的铁锰离子，其原理是通过过滤加吸附来过滤水中的铁锰。铁锰离子通过曝气氧化后，就可以被锰砂去除。经氧化后，原水中的二价铁和二价锰会分别被氧化成不溶解的三价铁和四价锰的化合物，利用锰砂过滤器的吸附过滤就能将铁锰去除。

含铁（锰）的地下水经冲气或加入氧化剂后，水中铁（锰）离子开始氧化，当水流经锰砂滤层时，在滤层中发生接触氧化反应及滤料表面生物化学作用和物理截留吸附作用，使水中铁（锰）离子沉淀去除。尤其是在处理微污染含锰地下水的过程中，铁细菌不仅能有效地去除铁锰，同时还能以水中氨为营养源，进行新陈代谢，在其他细菌参与下，同时达到去氨氮的效果。
利用多介质滤料的截留、滤除作用，去除大粒径的杂质颗粒、胶体和悬浮物，具有低成本、操作维护及管理方便等特点。常见采用石英砂、无烟煤滤料、锰砂、AFM、活性炭等，滤速高，截污能力大，过滤周期长，罐体有玻璃钢、碳钢、不锈钢多种材质，可配多路阀或电动、气动、水动阀配PLC控制，分别适用于中小流量及大流量情况，可实现自动和手动双重控制。最高过滤精度可达5微米。