Alliance系统的核心是Waters 2695分离模块。2695是基于2690分离模块先进的溶剂和样品管理集成结构，并针对用户的迫切需求进行了大量的设计革新。Alliance系统中的2695分离单元设计可与 Empower / MassLynx 软件协同工作，还包括Symmetry和Xterra色谱柱，多种可选的检测器（包括Micromass的ZQ™和Quattro micro™质谱检测器）。整个系统得到Connections®的支持（Waters独有的服务支持程序），以达到完美的性能和效率。这也是可靠的性能和极佳的重现性的原因，最后，高质量的结果将会增加正常运行时间。

实验室需要维持一天24小时、一周7天的持续运转，因此对仪器的耐用性和可靠性有更高的要求。由于成本上升，实验室管理人员一直在寻找一条减少维护时间、增加运转效率的途径。仪器和软件在能提供最高品质结果的前提下保持每天的不间断运转变得越发重要。为了适应这些需求，Waters在原来的2690、2690D和2790分离模块（Alliance系统的核心）之上进行了大量设计革新，引入了很多在1996年发布时尚未实现的新技术，这样造就了新一代的更优秀的仪器。